SNP檢測常見問題答疑下篇
2022-08-09 19:14:35
來源/作者：普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
大家好，今天普拉特澤生物繼續(xù)跟大家一起學習關于SNP檢測的各種方法下篇，本文由普拉特澤生物—表達檢測平臺總結(jié)分享，表達監(jiān)測平臺專業(yè)承接SNP檢測等各種實驗外包服務，實操經(jīng)驗豐富質(zhì)量上乘。如果您有疑問的問題可以看看SNP檢測常見問題答疑上篇，話不多說來看看吧！
問題一：SNP的研究思路是怎樣的？
答：首先尋找研究相關的 SNP 位點
(1) 如果是單基因遺傳，特別是罕見遺傳的疾病，可以通過外顯子測序?qū)σ粋€家系的幾個個體進行測序，篩選低頻突變，隨后找那種能改變蛋白功能的突變，最后做共分離分析。
(2) 如果是多基因病或者質(zhì)量性狀定位，那么兩個方法，一是，全基因組關聯(lián)分析GWAS，用散發(fā)型個體，做關聯(lián)分析。不過這種方法要的樣本量比較大，一般都要大幾百個，多的都要好幾千。二是，基因家系的連鎖分析，這個主要是定位，然后再后續(xù)做一些東西，一般用芯片或者全基因組重測序或者簡化基因組測序。
(3) 還可以通過參考資料鎖定研究相關的基因，通過數(shù)據(jù)庫查到基因內(nèi)部的 SNP 位點。
(4) 查找相關的參考文獻，找到研究相關的 SNP 位點。
然后，開始進行SNP位點驗證，采用對照組和實驗組的大量樣本，驗證尋找到的實驗相關的 SNP 位點。
(1) SNaPshot 法：基于多重PCR和ABI 3730xl 測序平臺的 SNP 分型檢測。
(2) 直接測序法：基于一代測序平臺的SNP分型檢測。
(3) 質(zhì)譜法：基于Sequenom平臺的SNP分型檢測。
(4) Taqman探針法：基于熒光定量PCR儀平臺的SNP分型檢測，等等。
最后根據(jù)已有的對照組和實驗組的SNP分型結(jié)果與實驗目的進行關聯(lián)分析：
(1) 與疾病的關聯(lián)分析等。
(2) LOH分析。
(3) 遺傳連鎖分析。
(4) 單倍型分析。
還可以進行包括HW平衡分析、聚類分析、品種鑒定、單體型分析等數(shù)據(jù)分析。
問題二：想要在SCI雜志上發(fā)表影響因子大于5的SNP文章，需要做哪些準備工作？
答：除了前面說的研究方法、研究思路及使用恰當?shù)墓δ茯炞C方法外，對于疾病研究、病理樣本和對照樣本要有非常大的樣本量，通常是幾百例，最好是大于1000例。另外，一定要結(jié)合相關的環(huán)境風險因素一起進行統(tǒng)計學分析，比如LD，單體型分析等等。
問題三：如何篩選SNP位點？
對于候選SNP的篩選，有很多種考慮，總的趨勢和出發(fā)點是能夠涵蓋的SNP越多越好。
(1) 選擇minority allele頻率大于5%。
(2) 正式試驗前可選30人左右的人群做該基因的測序，看看有沒有和數(shù)據(jù)庫不一致的SNP。
(3) 除了TagSNP外，還可選擇進化保守區(qū)的SNP。
(4) 看看該區(qū)域內(nèi)有沒有其他人群相關功能或易感陽性SNP的報道。
(5) 改變氨基酸編碼的SNP。
目前更傾向于篩選對于某一疾病的重要候選基因，對其基因全長進行重新測序(這一過程稱為SNP rediscovery 或者是SNP resequencing)，然后選出有意義的位點再進行genotype，并構(gòu)建haplotype。
問題四：SNP的功能驗證？
答：SNP的相關性分析只是通過樣本得到的信息經(jīng)統(tǒng)計分析而得到的結(jié)論，但是是否真的具有生物學功能需要有功能驗證試驗，這樣以后的實用性將更大，也更具有說服力。
SNP功能驗證經(jīng)典的驗證方法是模式生物，基因定點敲出，但費用高、周期長，還不一定能模擬出表型，或者是做生物信息分析，然后研究功能通路的改變，再用實驗驗證，這個方法最大的問題是基因表達的改變一般都需要組織，而有些復雜疾病很難取到組織。
好啦，那關于SNP實驗的所有問題咱們就回答到這里啦！如果還是沒有覆蓋到您的疑問或者您有SNP檢測代做的需求，可以隨時給客服留言，我們會在最短的時間內(nèi)聯(lián)系回復到您，期待您的留言~
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