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大家好！今天普拉特澤生物繼續(xù)跟大家一起學(xué)習(xí)新的實(shí)驗(yàn)文章——CDS和ORF的區(qū)別

在基因組學(xué)和分子生物學(xué)的探索中，NCBI（美國國家生物技術(shù)信息中心）扮演著至關(guān)重要的數(shù)據(jù)庫角色。當(dāng)我們在NCBI中查閱基因序列信息時，經(jīng)常會碰到“ORF”和“CDS”這兩個概念。它們都與基因中負(fù)責(zé)編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域緊密相關(guān)，但在具體定義和應(yīng)用上卻有所區(qū)別。簡單來說，“ORF”指的是開放閱讀框，是基因序列中一段可能編碼蛋白質(zhì)的連續(xù)核苷酸序列；而“CDS”則代表編碼序列，是已經(jīng)確證為編碼特定蛋白質(zhì)的核苷酸序列區(qū)域。

首先我們先搞清楚何為ORF？

在分子生物學(xué)中，開放閱讀框（Open Reading Frame，ORF）從起始密碼子開始，結(jié)束于終止密碼子連續(xù)的堿基序列，是DNA序列中具有編碼蛋白質(zhì)潛能的序列。
何為CDS？

與蛋白序列一一對應(yīng)的DNA序列，并且序列中間不存在其他與蛋白無關(guān)的序列

ORF（開放閱讀框）和CDS（編碼序列）的區(qū)別與聯(lián)系：

定義與性質(zhì)

ORF：在DNA或RNA序列中，從起始密碼子到終止密碼子之間的一段連續(xù)的非中斷的核苷酸序列。它是預(yù)測可能編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域，但并非所有預(yù)測的ORF都能實(shí)際編碼出有功能的蛋白質(zhì)。

CDS：是基因中直接參與蛋白質(zhì)合成的DNA片段，是已經(jīng)確證為編碼特定蛋白質(zhì)的核苷酸序列區(qū)域。CDS與mRNA序列一一對應(yīng)，且中間不存在其他非編碼序列（如內(nèi)含子）。

確定性與預(yù)測性：

ORF：是一種預(yù)測結(jié)果，基于序列分析得出的可能編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域。它可能包含多個，但并不是所有預(yù)測的ORF都能被證實(shí)為實(shí)際的編碼序列。

CDS：是已經(jīng)通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證或數(shù)據(jù)庫注釋確認(rèn)的編碼序列，具有更高的確定性和可靠性。

包含關(guān)系：

CDS必定是ORF：因?yàn)镃DS是已經(jīng)確證的編碼序列，它必然符合從起始密碼子到終止密碼子的連續(xù)非中斷序列的定義，因此它一定是一個ORF。

ORF不一定是CDS：預(yù)測的ORF可能包含不能編碼蛋白質(zhì)的序列，或者可能包含多個CDS

今天關(guān)于CDS和ORF的區(qū)別就分享到這兒啦~如果您在實(shí)驗(yàn)過程中遇到技術(shù)問題，或者需要實(shí)驗(yàn)外包和代做，可與我們技術(shù)老師聯(lián)系18570028002（微信同號）