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?實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)答疑

2022-07-28 13:55:45

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)

    實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)答疑由普拉特澤生物技術(shù)總結(jié)分享。實(shí)時(shí)熒光定量PCR是普拉特澤生物——表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)的常規(guī)實(shí)驗(yàn),本文主要根據(jù)普拉特澤生物承接的所有的熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)特殊問題與進(jìn)行實(shí)驗(yàn)技術(shù)咨詢的同學(xué)常常提出的問題總結(jié),分享給大家:

1、實(shí)時(shí)熒光定量技術(shù)是什么?有什么用?

    實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)(Real-time qPCR),其基本原理是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上添加熒光染料或熒光染料探針,利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR過程。熒光定量PCR最大的優(yōu)勢(shì)可以對(duì)初始模板進(jìn)行定量,目前已廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)研究等領(lǐng)域。
2、CT值是什么?實(shí)驗(yàn)結(jié)果沒有CT值怎么回事?

    在相對(duì)定量中,Ct值一般控制在15~25之間比較好,如果在絕對(duì)定量中,對(duì)低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會(huì)增大,但是一般不宜超過40循環(huán),否則定量不準(zhǔn)確。因此,判斷Ct值出現(xiàn)過晚是否屬于非正常情況,需要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和目的進(jìn)行。可能原因主要是:

    1)擴(kuò)增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適,需要進(jìn)行優(yōu)化;引物或探針設(shè)計(jì)不合理,需要重新設(shè)計(jì);

    2PCR程序不合適,改用三步法進(jìn)行反應(yīng),或者優(yōu)化退火/延伸溫度,可以適當(dāng)降低退火溫度;退火/延伸時(shí)間短(可以在推薦的時(shí)間條件下延長(zhǎng)10s);

    3MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量的不足;

    4PCR產(chǎn)物太長(zhǎng)。PCR產(chǎn)物設(shè)計(jì)超過500bp;

    5)模板中存在抑制物。用高純度模板進(jìn)行PCR檢測(cè)或?qū)⒛0暹M(jìn)行稀釋。

3、我的熒光定量PCR結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)曲線線性關(guān)系不佳怎么回事?

    如果遇到標(biāo)準(zhǔn)曲線線性關(guān)系不佳)的情況,那么很有可能是以下環(huán)節(jié)存在問題:

    1)標(biāo)準(zhǔn)品稀釋或者加樣存在誤差,吸樣不準(zhǔn),使得標(biāo)準(zhǔn)品不呈梯度;

    2)標(biāo)準(zhǔn)品出現(xiàn)降解。應(yīng)避免標(biāo)準(zhǔn)品反復(fù)凍融,將高濃度DNA模板分裝,保存于-20℃-80℃,不要反復(fù)凍融,現(xiàn)配現(xiàn)用;

    3)引物或探針不佳。重新設(shè)計(jì)更好更穩(wěn)定的引物或探針;

    4)模板中存在抑制物。模板濃度過高,根據(jù)現(xiàn)有商品化熒光定量試劑盒的要求,一般模板量不超過500ng,以50~500ng為宜。

4、為什么我的陰性對(duì)照擴(kuò)增有信號(hào)?

    如果陰性對(duì)照擴(kuò)增有信號(hào),首先排查各操作環(huán)節(jié)是否有不當(dāng),造成交叉污染:

    1)引物設(shè)計(jì)不夠優(yōu)化。應(yīng)避免引物二聚體和發(fā)夾結(jié)構(gòu)的出現(xiàn)。

    2)引物濃度不佳。適當(dāng)降低引物濃度,并注意上下游引物的濃度配比。

    3)鎂離子濃度過高。適當(dāng)降低鎂離子濃度,或選擇更適合的mix試劑盒。

    4)模板有基因組的污染。RNA提取過程中避免基因組DNA的引入,或通過引物設(shè)計(jì)避免非特異性擴(kuò)增。

    5)交叉污染。在所用的試劑中有交叉污染,或操作環(huán)境中有氣溶膠造成污染,建議對(duì)操作環(huán)境進(jìn)行處理,或者更換新的環(huán)境、加樣器、槍頭以及所有的引物、試劑等。

5、為什么我的擴(kuò)增曲線是S形的?

    如果遇到擴(kuò)增曲線異常,很有可能是以下環(huán)節(jié)存在問題:

    1)模板的濃度太高或者降解;

    2)熒光染料的降解;

    3)在操作熒光定量PCR時(shí),帶上新的一次性手套,蓋上避免任何指紋或者字跡等;

    4)液體揮發(fā)。耗材氣密性等問題引起液體蒸發(fā),沒有很好的聚集在管子里;

    5)氣泡。操作問題如移液槍加樣引起的氣泡問題。

    好啦,表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)常常收到的技術(shù)咨詢就是這么多啦,如果您關(guān)于熒光定量PCR還有其他的問題或者實(shí)驗(yàn)需要外包歡迎給客服留言,咱們一起學(xué)習(xí)共勉~

    



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